Đánh bắt cá
Suốt trong nhiều năm, số cá Nhật Bản đánh bắt được lớn hơn bất kỳ một quốc gia nào trên thế giới. Người Nhật cũng tiêu thụ một lượng lớn cá và các hoại hải sản khác như tảo biển chẳng hạn. Tuy nhiên, trong những năm gần đây, Nhật Bản cũng như các quốc gia có ngành ngư nghiệp phát triển khác đều phải chứng kiến tình trạng cạn kiệt của các ngư trường ven biển và xa bờ.
Ngư nghiệp Nhật Bản tuột dốc do trữ lượng cá ở các vùng nước ven biển cạn kiệt và những quy định quốc tế về hạn chế đánh bắt cá ở các vùng biển sâu. Hiện nay ngư nghiệp nước này hỉ còn xếp thứ ba trên thế giới. Để bù đắp sản lượng cá thiếu hụt, Nhật Bản phát triển ngành nuôi trồng thủy sản. Nước này còn tăng số lượng hàng thủy hải sản nhập khẩu, năm 2002 đạt 3,88 triệu tấn. Cá vẫn đóng vai trò quan trọng trong bữa ăn và chiếm gần 40% lượng protein động vật được hấp thụ của người Nhật - con số này cao hơn nhiều so với hầu hết các nước phương Tây.
Sự sụt giảm số tàu đánh cá đã tác động mạnh tới nhiều cộng đồng ngư dân. Trong vòng 30 năm qua, số việc làm trong ngành ngư nghiệp đã giảm gần một nửa và đến năm 2002 chỉ còn 243.330 việc làm. Các cộng đồng ngư dân chịu ảnh hưởng của nhiều vấn đề, từ sự phản đối của các nhà hoạt động môi trường cho tới tình trạng ô nhiễm của các vùng nước nội địa. Tuy nhiên, vấn đề chính là do tình trạng đánh bắt bừa bãi, tạo ra một ngành khai thác không bền vững - cá bị đánh bắt quá nhiều khi chưa đến kỳ sinh sản để có thể phục hồi lại trữ lượng. Hệ quả là số tàu đánh cá giảm, kéo theo đó là sự hình thành những khu thất nghiệp ở một vài vùng duyên hải.
Đánh bắt cá voi
Trước đây ngành đánh bắt cá voi đã khiến nhiều loài cá voi gần như tuyệt chủng. Trước tình trạng đó, ủy ban bảo vệ cá voi quốc tế (IWC) đã áp dụng quy định cấm săn bắt cá voi vào thập niên 1990. Nhật Bản là một trong số ít các quốc gia - hai nước khác nữa là Aixơlen và Na Uy muốn khôi phục lại ngành này. Đối tượng đánh bắt chính của các nước này là cá voi xám. Số cá voi xám trên toàn thế giới là hơn 500.000 con. Người Nhật cho rằng, nếu được kiểm soát nghiêm ngặt, ngành đánh bắt cá voi có thể cung ứng một sản lượng bền vững (đánh bắt ở mức độ không làm giảm số lượng cá sinh sản). Họ còn lập luận rằng thịt cá voi là thứ thực phẩm phổ biến ở Nhật và kế sinh nhai của nhiều cộng đồng ngư dân phụ thuộc vào việc săn bắt cá voi.
Xung quanh vấn đề này là những tranh luận phức tạp và nhạy cảm về đạo đức. Các nhà hoạt động môi trường tỏ ra lo ngại vì vẫn còn nguy cơ việc săn bắt sẽ khiến loài cá voi xám tuyệt chủng. Họ cũng chỉ ra rằng việc dùng lao móc để giết cá voi là hết sức dã man. Một số nhà hoạt động môi trường khuyến nghị một hoạt động kinh tế thay thế: tàu đánh cá voi sẽ được sử dụng dể đưa du khách ra biển ngắm cá voi như một hình thức du lịch sinh thái. Ở một vài nơi, hoạt động này đang được tiến hành.
Năm 2001, IWC xem xét lại quy định cấm đánh bắt cá voi và quy định này vẫn được duy trì, nhưng đa số ủng hộ đã giảm xuống. Tuy nhiên, Nhật Bản được phép tiếp tục đánh bắt cá voi xám nhưng chủ yếu là phục vụ cho các mục đích nghiên cứu khoa học. Dù vậy, việc đánh bắt cá voi làm thực phẩm rõ ràng vẫn đang tiếp diễn, vì người ta có thể thấy thịt cá voi trong thực đơn của các quán ban ở Tokyo và các bến cảng của Nhật.
