Trồng trọt
Sườn núi ở Nhật Bản thường quá dốc để có thể canh tác trong khi phần lớn đồng bằng giờ đây lại được sử dụng để phát triển đô thị hay cho mục đích công nghiệp. Với những nơi đất đai có độ dốc vừa phải, người ta phải tạo thành ruộng bậc thang để trồng trọt. Nhật Bản có lượng mưa lớn và thời tiết ở hầu hết các đảo ngoại trừ Hokkaido đều ấm áp, thế nhưng đất nước này lại phải hứng chịu các trận bão vào đầu mùa thu và tuyết rơi dày trong mùa đông. Ở miền duyên hải, các vùng đồng bằng còn đương đầu với nguy cơ sóng thần đôi lúc có thể xảy ra và một vài vùng núi là nạn nhân của những đợt phun trào núi lửa.
Lúa nước
Dù trong hoàn cảnh khó khăn như vậy, trồng trọt vẫn rất quan trọng đối với kinh tế Nhật Bản. Giữ vai trò chủ đạo trong ngành nông nghiệp là việc canh tác cây lúa nước. Tuy nhiên, nhiều trang trại có quy mô nhỏ. Hầu hết nông dân (khoảng 78%) làm việc bán thời gian và phần lớn việc đồng áng do phụ nữ đảm nhận.
Lúa nước cần có những điều kiện đặc biệt để sinh trưởng. Thóc thường được gieo trong nhà kính cho đến khi nảy mầm thành mạ. Sau đó, mạ sẽ được cấy với điều kiện rễ mạ phải cách mặt nước ít nhất 10 cm. Ngoài ra còn cần tới các công trình thủy nông để đáp ứng việc tưới tiêu cho các cánh đồng. Cuối cùng, sang thu lúa chín và trước khi được gặt về lúa ngả màu nâu vàng như lúa mì vậy. Lúa nước được trồng trên khắp Nhật Bản, thậm chí cả ở Hokkaido. Tuy nhiên, lúa hầu hết được trồng ở miền cực nam và tại đây có nhiều vùng chuyên canh lúa như Niigata.
Phòng trừ sâu bệnh
Trong 50 năm qua phân bón, thuốc diệt cỏ và thuốc trừ sâu đã được sử dụng rộng rãi trong canh tác lúa nước ở Nhật Bản. Việc sử dụng chúng đưa lại nhiều tác động không mong đợi, trong đó đáng chú ý là tình trạng ô nhiễm ao hồ trong nội địa. Gần đây, người ta đang cố gắng triển khai những biện pháp thay thế, bao gồm việc thả cá chép vào những cánh đồng được làm ngập nước như là những hình thức kiểm soát sâu bệnh một cách tự nhiên.
Các cây trồng khác
Mặc dù lúa nước rõ ràng là cây trồng quan trọng nhất ở Nhật Bản, nhưng người Nhật canh tác cả những loại ngũ cốc khác, cụ thể là lúa mạch để cung cấp nguyên liệu cho ngành sản xuất bia có quy mô lớn của nước này. Rất nhiều loại rau quả như cà chua, dưa chuột, khoai lang, rau diếp, táo và quả xuân đào, cũng được gieo trồng.
Chè cũng được trồng ở Nhật Bản, đặc biệt là ở các thửa ruộng bậc thang trên sườn núi. Sản phẩm chính từ chè là loại trà xanh hay ocha được người dân khắp nơi trong nước sử dụng. Chè được trồng chủ yếu ở phía nam Honshu.
Gỗ
Nhật Bản giàu tài nguyên rừng nhưng không thể tự cung ứng được nhu cầu về gỗ. Rừng phần lớn nằm ở các vùng núi xa xôi nên chi phí khai thác rất tốn kém. Hơn nữa, các cánh rừng thường nằm ở những vùng có cảnh quan thiên nhiên kỳ thú và các điều luật về môi trường không cho phép chặt phá chúng. Một vấn đề khác nữa là những loại cây sinh trưởng ở Nhật Bản chỉ đáp ứng được phần nào nhu cầu về gỗ. Chẳng hạn như người Nhật thường sử dụng các loại gỗ cứng vùng nhiệt đới để đóng đồ đạc và sản xuất các đồ thủ công mỹ nghệ. Ngoài ra còn có nhu cầu đáng kể về gỗ chất lượng thấp được sử dụng để làm gỗ miếng dùng trong đóng đồ đạc và làm bột gỗ. Kết quả là, trong quá khứ Nhật Bản đã đầu tư vào việc khai thác các khu rừng mưa nhiệt đới ở Đông Nam Á và hành động đó đã bị nhiều tổ chức môi trường lên tiếng chỉ trích.
