Bằng cách nào virus thoát khỏi hệ miễn dịch?
Đây còn là một điều rất bí ấn! Trên thực tế, lúc đầu hệ miễn dịch phản ứng rất mạnh với sự nhiễm virus. Nó sản xuất các kháng thể và tế bào limpho có độc tính tế bào để tiêu diệt những tế bào bị nhiễm và ngăn chặn cuộc xâm nhập của virus trong nhiều năm. Nhưng tại sao nó lại không loại bỏ được virus? Người ta đã đưa ra ba cách giải thích không loại trừ lẫn nhau. Thoạt tiên, tỷ lệ sai sót trong khi hệ gen của virus sao chép là cao (khoảng 1/10.000), khiến HIV biến đổi không ngừng nên nó tránh được mọi sự nhận dạng. Sau đó, nó lặng im bên trong những tế bào miễn dịch sống rất lâu ở các hạch bạch huyết, là những tế bào đóng vai trò như kho chứa virus. Não và mô mỡ cũng có thể là những nơi ẩn náu khác. Cuối cùng, nó làm rối loạn cuộc ''đối thoại'' giữa các ''diễn viên'' khác nhau của hệ miễn dịch (đặc biệt là làm sai lệch tỷ lệ của một số phân tử thông tin hòa tan, như cytokine).
Tất cả những cơ chế này phải tham gia vào duy trì sự cân bằng giữa sản sinh và hủy diệt virus. Còn hiện tượng suy giảm miễn dịch cuối cùng thì nguyên nhân vẫn được tranh cãi nhiều. Liệu nó có gắn liền với sự cạn kiệt các trữ lượng tiền tế bào limpho không? Qua nhiều năm, hiện tượng xơ hóa hạch bạch huyết do nhiễm virus có ngăn cản loại tế bào này đóng vai trò của ''ngã ba'' miễn dịch không? Một giả thuyết khác cho rằng các tế bào miễn dịch bị tước đoạt cuộc chiến đấu chống HIV, đã quay sang những nhiệm vụ khác và tránh đường cho các trùng hợp nhiễm cơ hội. Ta hãy lưu ý rằng có rất ít ''người mang virus'' tỏ ra không phát triển bệnh, mà người ta không biết sự ưu tiên này bắt nguồn từ tính ít độc của virus hoặc do đặc điểm của hệ miễn dịch ở họ. Một dấu hiệu là đột biến của protein CCR5, có ở bề mặt tế bào limpho và có vai trò cùng tiếp nhận sự xâm nhập của virus, có khả năng tự vệ chống lại AIDS.