Các bệnh tự miễn dịch bắt nguồn từ đâu?
Vấn đề này vẫn chưa được giải đáp thật sự. Trong những bệnh này, hệ miễn dịch tấn công ngay chính các thành phần của cơ thể, như tế bào tuyến tụy trong một số bệnh tiểu đường, bao nơron trong bệnh xơ cứng rải rác, hồng cầu trong một số bệnh thiếu máu... Yếu tố phát động vẫn còn khá bí ẩn. Nhưng có một điểm chắc chắn là chính chúng ta tạo ra các kháng thể và bạch huyết bào nhằm vào các thành phần của cơ thể mình. Một số người cũng cho rằng đó là cần thiết cho sự cân bằng của hệ miễn dịch. Nhưng trong lúc bình thường, các bạch huyết bào này không hoạt động.
Trong đời sống rất sớm của phôi, hệ miễn dịch học cách chấp nhận các thành phần của mình. Trong tuyến ức của phôi, nhiều bạch huyết bào muốn kháng lại các thành phần của cơ thể đều bị loại. Số khác chỉ bị ''buộc mõm'', bị ngăn không cho hành động (người ta gọi là sự mất ứng của bạch huyết bào). Theo giả thuyết hiện nay, một bạch huyết bào muốn vào cuộc cần nhận được ít nhất hai tín hiệu. Một là nó phải nhận ra kháng nguyên do một tế bào thích hợp giới thiệu. Hai là nó phải nhận đồng thời một tín hiệu thứ hai do tế bào giới thiệu phát ra, qua tiếp xúc trực tiếp hoặc dưới dạng một chất hòa tan. Ở phôi, tín hiệu thứ hai này có thể không có, nên tất cả các bạch huyết bào nhận ra các thành phần của cơ thể đều bị chết hoặc mất ứng.
Cách ''giáo dục'' hệ miễn dịch này vẫn tiếp tục ở tuổi trưởng thành. Cơ thể thường xuyên sản xuất bạch huyết bào nhằm chống lại chính mình. Có thể sự có mặt hay vầng mặt tín hiệu thứ hai phản ánh nguy cơ gắn liền với kháng nguyên, hướng hệ này chấp nhận hoặc có phản ứng miễn dịch. Một số bệnh tự miễn dịch đã được kết hợp với các HLA đặc biệt. Việc giới thiệu kháng nguyên nhờ một phân tử tương hợp mô nào đó có thể tạo thuận lợi cho các bạch huyết bào được hoạt hóa để kháng lại các thành phần của cơ thể. Một dấu vết khác là hiện tượng nhiễm virus có thể làm thay đổi cách giới thiệu kháng nguyên của cái mình khiến một số bạch huyết bào có phản ứng ở đây.
