Sự khởi đầu của chính quyền mới
Tổng thống Soekarno lâm bệnh nặng. Ông đã nhường quyền giữ an ninh đất nước cho Soeharto. Việc chuyển quyền hạn này có hiệu lực theo một chỉ thị của tổng thống, ký ngày 11 tháng 3 năm 1966. Soeharto cũng hình thành một nội các mới, nhưng Soekarno vẫn là tư lệnh tối cao của đất nước. Điều này gây ra tình trạng nhị nguyên cho nội các, đặc biệt là khi Soekarno không ủng hộ cho chương trình của nội các nhằm thiết lập sự ổn định về chính trị và kinh tế. Do đó, một phiên họp đặc biệt của Hội đồng Tư vấn Nhân dân Lâm thời đã được triệu tập từ ngày 7 đến ngày 12 tháng 3 năm 1967. Nghị quyết của Hội đồng là giải thoát Soekarno khỏi trách nhiệm tổng thống và đề cử Soeharto làm quyền tồng thống. Việc bầu tổng thống chính thức sẽ chờ đến khi bầu Hội đồng Tư vấn Nhân dân chính thức.
Chính quyền mới
Nhận nhiệm vụ từ năm 1967, chính quyền mới của tổng thống Soeharto đã quyết định trở lại tình trạng lập hiến bằng cách đề cao Hiến pháp năm 1945 một cách chặt chẽ và nhất quán.
Dựa vào nền tảng chính trị và kinh tế của chính quyền Soekarno, chính quyền mới tiến hành thực hiện những điểm sau:
Hoàn thành việc phục hồi trật tự và an ninh để thiết lập một sự ổn định về chính trị.
Thực hiện một cuộc khôi phục kinh tế.
Chuẩn bị một kế hoạch cho việc phát triển quốc gia và thực hiện kế hoạch đó với sự tập trung vào phát triển kinh tế.
Chấm dứt sự đối đầu và bình thường hóa các mối quan hệ ngoại giao với Malaysia.
Gia nhập lại Liên Hiệp Quốc, vì Indonesia đã rút khỏi tổ chức này từ tháng Giêng năm 1965.
Theo đuổi một cách kiên định một chính sách đối ngoại độc lập và năng động.
Giải quyết vấn đề Tây Irian.
Phục hồi uy tín về kinh tế của Indonesia ở nước ngoài.
Tổ chức cuộc tổng tuyển cử năm năm một lần.
Về vấn đề Malaysia, Indonesia không những chỉ bình thường hóa quan hệ ngoại giao mà còn cùng với nước này và Philippines, Singapore và Thái Lan cùng tổ chức Hiệp hội Các Quốc gia Đông Nam Á (ASEAN). Khi giành được độc lập vào năm 1984, Brunei Darussalam trở thành thành viên thứ sáu của ASEAN. Đến tháng 7 năm 1995, Việt Nam được tiếp nhận là nước thứ bảy của tổ chức này. Mục tiêu của hiệp hội là thiết lập sự hợp tác trong khu vực về kinh tế, xã hội và văn hóa, tuy nhiên ASEAN cũng hoạt động cả trên lĩnh vực chính trị.
Để dọn đường cho việc phát triển đất nước, ngoài việc phục hồi kinh tế, Indonesia còn thỏa thuận được với những nước chủ nợ dời lại thời hạn trả nợ cho món nợ nước ngoài 5 tỉ USD. Với sự khôi phục uy tín của đất nước, Indonesia đã thành công trong việc hình thành một hiệp hội tạm thời những nước chủ nợ để hỗ trợ cho quốc gia này trong việc phát triển kinh tế. Hiệp hội tạm thời này được gọi là Nhóm Liên Chính phủ về Indonesia (IGGI), bao gồm Mỹ, Canada, Úc, New Zealand, Nhật Bản, Anh và một số các nước ở Tây Âu. Những cuộc họp hàng năm của hiệp hội này được tổ chức tại Amsterdam dưới sự chủ tọa của Hà Lan. Hiện nay IGGI đã được thay thế bằng Nhóm Tư vấn cho Indonesia (CGI), bao gồm những thành viên cũ của IGGI (trừ Hà Lan) và năm nước chủ nợ mới.
Việc hoà hợp Đông Timor
Trong Thế chiến thứ II, người Nhật đã hất cẳng cả người Hà Lan lẫn người Bồ Đào Nha ra khỏi Timor, và cũng ra khỏi những phần còn lại của Indonesia. Khi Nhật đầu hàng quân Đồng Minh năm 1945, Indonesia đã tuyên bố sự độc lập của đất nước mình, trong đó bao gồm cả những vùng Đông Ấn Độ và các vùng phụ cận thuộc quyền của Hà Lan trước đây. Trong khi đó, Đông Timor được quân Đồng Minh trả lại cho Bồ Đào Nha, và người dân ở đây lại tiếp tục sống dưới chế độ thực dân. Họ đã có nhiều nỗ lực đánh trả người Bồ Đào Nha và gia nhập vào Indonesia, nhưng bị chính quyền thực dân đàn áp. Cho đến năm 1974 người Bồ Đào Nha mới cho họ cơ hội quyết định tương lai chính trị của họ.
Trong phát biểu ngày 28 tháng 5 năm 1974, người cầm quyền Timor thuộc Bồ Đào Nha, đại tá Fernando Aives Aldela, đã cho phép nhân dân được thành lập các đáng phái chính trị. Đáp ứng lại điều này là sự ra đời của năm chính đảng: UDT, FRETILIN, APODETI, KOTA và TRABALHISTA.
Vì thiếu sự hậu thuẫn, FRETILIN đã phải viện đến những chiến thuật khủng bố, hăm dọa nhằm áp chế tinh thần những đảng viên của các chính đảng khác. Điều này đã gây ra sự căng thẳng khắp cả thuộc địa và dẫn đến một cuộc nội chiến không thể tránh khỏi.
Ngày 27 tháng 8 năm 1975, thống đốc và nhũng quan chức Bồ Đào Nha đã bỏ thủ đô Dili, chạy sang đảo Atauro và để cho FRETILIN tự do tiếp tục các ảnh hưởng khủng bố của họ. FRETILIN thậm chí còn được vũ trang bởi kho vũ khí của người Bồ Đào Nha.
Ngày 28 tháng 11 cùng năm, FRETILIN đã đơn phương 'tuyên bố độc lập' cho Đông Timor và thông báo việc thành lập 'Cộng hòa Dân chủ Đông Timor'.
Với tình hình này, ngày 30 tháng 11 năm 1975, ở Balibo, UDT, APODETI, KOTA và TRABALHISTA công bố độc lập và sát nhập với Indonesia. Ngày 17 tháng 12 năm 1975, bốn đảng này đã thông báo việc thành lập Chính quyền Lâm thời của Đông Timor ở Dili.
Ngày 31 tháng 5 năm 1976, Hội đồng Nhân dân Đông Timor đã quyết định mở một phiên họp để chính thức sát nhập lãnh thổ với Cộng hòa Indonesia. Dự luật về việc sát nhập này đã được quốc hội Indonesia chuẩn y ngày 15 tháng 7 năm 1976, và với sự ban hành cửa tổng thống đã trở thành luật vào ngày 17 tháng 7. Đông Timor kể từ lúc đó là tỉnh thứ 27 của Indonesia với tất cả mọi quyền hạn và bổn phận theo hiến pháp năm 1945 của nước này.
Sự cải cách chính quyền
Kể từ lúc bắt đầu Kế hoạch Phát triển Năm năm lần thứ nhất năm 1969, Indonesia dưới chính quyền mới của tổng thống Soeharto đã nỗ lực đạt được những mục tiêu phát triển quốc gia của mình. Thực tế là đất nước này đã có những tiến bộ đáng kể trong nhiều lĩnh vực, đem đến sự hưởng thụ cho đại đa số nhân dân. Indonesia đã thành công trong kế hoạch phát triển đất nước. Nhưng không may, cuộc khủng hoảng kinh tế, bắt đầu từ cuộc khủng hoảng tiền tệ đã tấn công Indonesia từ tháng 7 năm 1997.
Kể từ khoảng giữa năm 1997, mức sống của người dân Indonesia đã suy giảm đáng kể. Sự suy giảm trong mức sống này lại được nhân lên từ những căng thẳng chính trị vào cuộc tổng tuyển cử năm 1997. Hệ thống chính trị đã được phát triển từ năm 1966 đến nay đã không có khả năng thích nghi với những động lực về nguyện vọng và lợi ích của cộng đồng. Điều này dẫn đến sự náo loạn và mất ổn định. Ở một mức độ nào đó, sự xáo trộn này phản ánh sự trục trặc của chính quyền và trật tự chính trị, cuối cùng đã dẫn đến tình trạng khủng hoảng chính trị
Sự tập trung của khủng hoảng kinh tế và khủng hoảng chính trị đã là nhân tố thúc đẩy cho cuộc khủng hoảng về lòng tin. Điều này không những chỉ ứng với các quan chức và những cơ quan điều hành quốc gia mà còn ứng với cả hệ thống giá trị và nền tảng pháp lý chống đỡ cho những cơ quan điều hành đó.
Nhiều cuộc biểu ảnh của sinh viên đã xảy ra, cùng với việc chiếm đóng tòa nhà của Hội đồng Tư vấn Nhân dân quốc hội. Họ kêu gọi cải cách chính trị và kinh tế, đòi hỏi tổng thống Soeharto từ chức và quét sạch nạn tham nhũng, câu kết và gia đình trị. Những phong trào này lan khắp thủ đô Jakarta và những thị trấn khác từ ngày 12 đến ngày 21 tháng 5 năm 1998.
Ngày 12 tháng 5 một thảm kịch đã xảy ra tại khuôn viên Đại học Trisakti, trong đó bốn sinh viên đã bị chết. Ngày 18 tháng năm lãnh đạo quốc hội đề nghị tổng thống từ chức. Những nỗ lực của tổng thống để thích nghi với những nguyện vọng của nhân dân bằng cách tạo ra một nội các cải cách và một ủy ban cải cách không bao giờ trở thành hiện thực vì không có sự ủng hộ đầy đủ của tất cả các giới.
Cuối cùng, ngày 21 tháng 5 năm 1998, tổng thống Soeharto, sau 32 năm cai trị chính quyền, đã phải từ chức. Theo điều 8 của hiến pháp năm 1945 và theo nghị định số VII/1973 của Hội đồng Tư vấn Nhân dân, ông đã giao quyền lãnh đạo quốc gia lại cho phó tổng thống Bacharuddin Jusuf Habibie. Sau lời tuyên bố, Habibie đã đọc lời thề trước chánh thẩm phán Sarwata để trở thành tổng thống thứ ba của Indonesia. Trước đó tổng thống Soeharto đã giải tán nội các mà ông thành lập sau khi đắc cử vào nhiệm kỳ tổng thống thứ bảy vào tháng 3.
Một ngày sau khi được đặt vào chức vụ tổng thống, Habibie đã hình thành Nội các Phát triển Cải cách. Ông đã chọn các bộ trưởng từ nhiều lực lượng chính trị và xã hội khác nhau, kể cả ba chính khách từ hai đảng của dân tộc ít người, Đảng Phát triển Thống nhất (PPP) và Đảng Dân chủ lndonesia (PDI) để có được sự phối hợp cần thiết.
