Địa hình Nhật Bản
Những hòn đảo với nhiều núi của quần đảo Nhật Bản tạo thành một quần thể hình trăng lưỡi liềm ngoài bờ biển phía Đông châu Á. Quần thể này ngăn cách với đất liền bởi Biển Nhật Bản, vốn trước đây được dùng như một thành trì bảo vệ. Đất nước này gồm bốn hòn đảo chính: Hokkaido, Honshu, Shikoku và Kyushu, hơn 3.000 đảo lớn nhỏ kế cận, bao gồm cả đảo Oshima trong dải Nampo, và hơn 200 đảo khác, bao gồm những đảo của các dải Amami, Okinawa và Sakishima của nhóm đảo Ryukyu. Lãnh thổ quốc gia còn bao gồm cả nhóm đảo nhỏ Bonin (người Nhật gọi là Ogasawara), đảo Iwo Jima và nhóm đảo Volcano (Kazan Retto), trải dài khoảng 1.100 km từ những đảo chính. Với đặc điểm gồm toàn đảo như vậy nên ở Nhật không có vị trí nào cách xa bờ biển quá.
Bốn đảo chính cách nhau bởi những eo biển nhỏ và tạo thành một thực thể thiên nhiên. Nhóm đảo Ryukyu làm thành hình vòng cung trải dài 970 km về phía Nam đảo Kyushu.
Khoảng cách giữa Nhật Bản và bán đảo Triều Tiên, điểm gần nhất so với lục địa châu Á, là khoảng 200 km. Nhật Bản vẫn luôn liên lạc với lục địa qua con đường mậu dịch, trải từ hướng Bắc đến Siberi, hướng Tây đến nhóm đảo Tsushima và bán đảo Triều Tiên, và hướng Nam đến các cảng ở bờ biển phía Nam Trung Quốc.
Những hòn đảo của Nhật Bản là những đỉnh cao của các dãy núi nổi lên gần rìa ngoài của thềm lục địa. Khoảng 75% diện tích của Nhật là núi, còn các vùng đồng bằng rải rác và các vùng lòng chảo chỉ chiếm khoảng 25%. Một dãy núi dài chạy đọc theo vùng quần đảo, chia nó thành hai nửa, nửa “mặt” hướng ra phía Thái Bình Dương, và nửa “lưng” hướng ra phía Biển Nhật Bản. Phía Thái Bình Dương là những ngọn núi dốc với độ cao từ 1.500 mét đến 3.000 mét, với các thung lũng và đèo cao. Vùng trung tâm của Nhật Bản là chỗ hội tụ của ba dãy núi - dãy Hida, dãy Kiso và dãy Akaishi – hình thành dãy núi Alps (Nihon Arupusu), trong đó có nhiều đỉnh núi cao hơn 3.000 mét. Đỉnh cao nhất trong dãy Alps là Kitadake cao 3.192 mét. Điểm cao nhất của Nhật Bản và đỉnh Fuji (Fujisan, hay còn gọi là Fujiyama), một ngọn núi lửa đã ngủ từ năm 1707 với độ cao 3.776 mét so với mặt biển, thuộc quận Shizuoka. Ở phía Biển Nhật Bản là những cao nguyên với những ngọn núi thấp với độ cao từ 500 mét đến 1.500 mét.
Ở Nhật Bản không có vùng đồng bằng dân cư nào hay vùng lòng chảo nào rộng lớn cả. Vùng rộng nhất là đồng bằng Kanto, nơi thủ đô Tokyo tọa lạc, chiếm diện tích 13.000 km2. Những vùng đồng bằng quan trọng khác có đồng bằng Nobi bao quanh Nagoya, đồng bằng Kinki trong khu vực Osaka - Kyoto, đồng bằng Sendai quanh thành phố Sendai ở phía Đông Bắc đảo Honshu và đồng bằng Ishikari ở Hokkaido. Nhiều đồng bằng trong số này nằm dọc theo bờ biển, và diện tích của chúng đã gia tăng theo sự khai hoang trong suốt lịch sử nước Nhật.
Số lượng đất đai ít ỏi có thể cư trú được đã thúc đẩy sự cải tạo của con người suốt nhiều thế kỷ. Đất đai được cải tạo từ biển và từ các vùng châu thổ của những dòng sông bằng cách xây dựng các đê điều và hệ thống thoát nước, và những cánh đồng lúa được xây dựng trên những mặt bằng ăn sâu vào núi. Quá trình này vẫn tiếp tục trong thời hiện đại với việc mở rộng bờ biển và việc xây dựng những hòn đảo nhân tạo cho công nghiệp và sự phát triển của các cảng, chẳng hạn như đảo Cảng ở Kobe và sân bay quốc tế mới Kansai ở vịnh Osaka. Nhiều ngọn đồi và thậm chí cả những ngọn núi đã được san bằng để tạo mặt bằng cho việc cư trú.
Các con sông thường dốc và nước chảy xiết, và có ít con sông thuận tiện cho việc giao thông, ngoại trừ vùng hạ lưu của chúng. Hầu hết những dòng sông đều ngắn hơn 300 km, nhưng dòng chảy xiết của chúng từ núi ra đã cung cấp một nguồn lực có giá trị: các trạm thủy điện. Tiềm năng về thủy điện của Nhật Bản đã được khai thác hầu như tối đa. Hầu hết các con sông đều ngắn. Sông dài nhất là Shinano, uốn quanh quận Nagan đến quận Niigat và chảy vào Biển Nhật Bản, chỉ dài 367 km. Hồ nước ngọt lớn nhất là hồ Biwa ở phía Đông Bắc Kyoto.
Sự giao thông đường thủy rộng rãi dọc theo bờ biển, đặc biệt là chung quanh Biển Nội Địa (Seto Naikai) đã bù đắp cho những con sông ít đường giao thông. Bờ biển Thái Bình Dương phía Nam Tokyo có những vịnh cạn, hẹp và chạy dài tạo ra bởi trầm tích, hình thành nhiều hải cảng thiên nhiên. Còn bờ biển Thái Bình Dương phía Bắc Tokyo, bờ biển Hokkaido, và bờ Biển Nhật Bản thường không có chỗ lõm vào, với ít cảng thiên nhiên.
