Protein của các động vật khác có giống như của chúng không?
Ở khỉ rất giống, còn ở ốc sên giống ít hơn... Trên thực tế, nhiều loại protein có chức năng cơ bản có ở tất cả các sinh vật mà chúng ta biết. Dù thành phần axit amin của chúng khác nhau, chúng vẫn có hình dạng bề ngoài rất giống nhau. Mức độ thân thuộc giữa các sinh vật được phản ánh qua mức độ thân thuộc giữa các protein của chúng: đối với các protein có quan hệ thân thuộc, tính chất giống nhau về axit amin ở một vị trí đặc thù biến thiên từ 50 đến l00%. Mọi sinh vật có tế bào sản xuất và sử dụng ít nhất vài trăm protein chung, điều đó có nghĩa là vai trò và sự phân chia nhiệm vụ giữa ADN, ARN và các protein đã được sắp xếp vào thời kỳ của loài tổ tiên chung xa xưa nhất với tất cả các loài hiện nay. Từ thời kỳ ấy, đã có nhiều sự đa dạng hóa, tạo nên nhiều ngành, xa cách hoặc thậm chí lai với nhau. Chẳng hạn, sự nhân đôi ngẫu nhiên một gen nào đó có thể dẫn tới một quá trình đa dạng hóa hai bản sao có các protein tương ứng kéo theo những chức năng khác nhau (tiến hóa phân ly). Tác động ngược cũng có một vai trò quan trọng trong lịch sử tiến hóa: các protein khác nhau tuân theo những áp lực chọn lọc giống nhau có thể biến đổi và trở nên rất giống nhau (tiến hóa hội tụ). Do tính chất nhập nhằng được tạo ra từ loại hiện tượng này, nên vẫn rất khó nghiên cứu sự tiến hóa của các sinh vật nếu chỉ so sánh những protein của chúng với nhau. Vì vậy, người ta có xu hướng so sánh một tập hợp gồm nhau gen hoặc so sánh hẳn bộ gen trọn vẹn của sinh vật này so với sinh vật khác.
