Môi trường
Qua nhiều thế kỷ, nguồn tài nguyên địa lý của quần đảo Indonesia đã được khai thác theo những phương cách phù hợp với mô hình văn hóa và lịch sử. Một mô hình văn hóa bao gồm những nông dân trồng lúa trong những thung lũng và đồng bằng của Sumatra, Java và Bali. Một mô hình khác bao gồm những bộ phận thương mại Hồi giáo sống dọc theo bờ biển. Mô hình thứ ba gồm những cộng đồng làm nông ở vùng đồi núi.
Ở mức độ nào đó, những mô hình này liên quan đến bản thân các nguồn tài nguyên địa lý. Nguồn tài nguyên này bao gồm số lượng bờ biển phong phú, những vùng biển lặng và gió đều thuận lợi cho việc đi biển, và những vùng thung lũng và đồng bằng - tối thiểu là ở quần đảo Sunda Lớn - thuận lợi cho việc làm nông. Vùng rừng núi dày đặc bên trong ngăn trở việc giao thông bằng đường bộ hoặc đường sông, nhưng lại thuận lợi cho lối trồng trọt du cư của nông nghiệp.
Mỗi một mô hình về sinh thái và kinh tế này đã phải chịu áp lực cao vào những thập niên 1970 và 1980, với sự gia tăng mật độ dân số, sự xói mòn của đất, sự lắng bùn ở đáy sông, và tình trạng ô nhiễm nguồn nước do thuốc trừ sâu nông nghiệp và việc khoan giếng dầu. Ở bộ phận thương mại dọc theo bờ biển chẳng hạn, cuộc sống của những người đánh cá và làm các hoạt động liên quan - khoảng 5,6 triệu người - bắt đầu bị đe dọa vào cuối thập niên 1970 do số lượng cá giảm sút vì nguồn nước ven biển bị nhiễm bẩn. Những ngư dân ở Bắc Java cũng chịu tình trạng suy thoái số lượng đối với một số loài cá nhất định, và vào khoảng giữa thập niên 1980 đã thấy tuyệt chủng loài cá terburuk ở một số vùng.
Phân bón cho cây trồng tại Gresik ở phía Bắc Java đã gây ô nhiễm nước biển và giết chết cá măng biển và tôm con. Vụ ô nhiễm ở eo biển Malacca giữa Maiaysia và Sumatra do dầu rò rỉ từ tàu dầu Nhật Bản Showa Mau vào tháng Giêng năm 1975 đã trở thành một thảm họa cho môi trường đối với vùng bờ biển dễ bị tác động của Sumatra. Sự nguy hiểm của tai nạn tàu dầu này còn gia tăng ở vùng eo biển có nhiều tàu bè qua lại.
Bộ phận thương mại bờ biển cũng còn phải chịu áp lực về môi trường trong nội địa nữa. Sự xói mòn đất từ nạn phá rừng làm trầm trọng thêm cho vấn đề đọng bùn do đất chảy dần xuống biển. Bùn đọng này làm chết nhiều rạn san hô, tạo ra những bụi đước và làm cản trở đường đến cảng, nếu không có những phương tiện nạo vét đại trà đắt tiền. Mặc dù việc đánh bắt cá vượt mức của các tàu 'nhà máy nổi' của Mỹ và Nhật đã bị chính thức hạn chế từ năm 1982, tình hình khan hiếm cá ở những vùng nước trước đây rất phong phú đã là một vấn nạn trong thời gian đầu thập kỷ 1990. Do các tàu đánh cá của Indonesia đã cải tiến công nghệ đánh bắt, họ đã đe doạ đến nguồn cá nói chung.
Một vấn đề khác, nhưng có liên quan, về áp lực môi trường đã nẩy ra trong những thập niên 1970 và 1980 trong những nông dân trồng lúa sống ở vùng đồng bằng và thung lũng. Sự gia tăng mật độ dân số và nhu cầu thường xuyên về đất trồng trọt đã gây ra tình trạng xói mòn đất, nạn phá rừng, và sự suy kiệt chất màu trong đất. Ngoài ra lại thêm việc ô nhiễm nguồn nước và gây độc cho các nguồn cá do thuốc trừ sâu. Mặc dù chính quyền trung ương và địa phương biết những vấn đề này, nhưng việc hài hòa giữa công tác bảo vệ môi trường với những nhu cầu thúc bách của người dân đang đói kém và khát vọng tăng trường về kinh tế là rất khó thực hiện.
Những vấn đề lớn đã nẩy ra ở các vùng núi bên trong của Kalimantan, Sulawesi và Sumatra. Trong số những vấn đề này có nạn phá rừng, xói mòn đất, những trận cháy rừng lớn; tất cả đã đe dọa tạo ra những thảm họa về môi trường. Năm 1983, khoảng 3 triệu héc ta rừng nguyên sinh trị giá khoảng 10 tỉ USD đã bị tàn phá trong một trận cháy tại tỉnh Kalimantan Timur. Không kể tác dụng của tai họa cháy rừng, vào khoảng giữa thập niên 1980 nạn phá rừng của Indonesia ở vào hàng cao nhất trong vùng Đông Nam Á, khoảng từ 700.000 đến 1 triệu héc ta mỗi năm. Trong một số trường hợp, những ảnh hưởng này được giảm nhẹ bằng cách trồng thay thằng những loại cây đồn điền như cà phê, cao su hay cọ. Tuy nhiên, ở Kalimantan nhiều khu rừng lớn đã bị phá sạch, với rất ít hoặc không có những hoạt động tái trồng rừng có hệ thống.
Mặc dù đã có những luật lệ về việc tái trồng rừng, chúng hiếm khi được thực hiện, hoặc chỉ được thực hiện một cách có chọn lọc, để lại những mảnh đất trống cho mưa gió và xói mòn. Nhưng vào giữa thập niên 1980, nhà nước, thông qua Sở Lâm nghiệp, cùng với Ngân hàng Thế giới đã phát triển một kế hoạch quản lý rừng. Những nỗ lực đã thể hiện ở việc kiểm kê rừng lần đầu tiên kể từ thời kỳ thực dân, việc nghiên cứu về sự sản sinh rừng, việc bảo tồn rừng và những chương trình về công viên quốc gia, và việc phát triển một kế hoạch tổng thể do Tổ chức Lương Nông Quốc tế (FAO) của Liên Hiệp Quốc thực hiện.
