Con mắt đã xuất hiện như thế nào?
Sự tiến hóa của mắt từ lâu đã kêu gọi các chuyên gia về tiến hóa. Trên thực tế, biết giải thích ra sao một thiết bị phức tạp đến thế đã xuất hiện trước khi được hoàn thành? Một võng mạc không có giác mạc có thể dùng làm gì, hoặc ngược lại? Nếu sự tiến hóa chỉ diễn ra nhờ các thay đổi nhỏ tuần tự thì liệu chọn lọc tự nhiên có thể tạo thuận lợi cho sự xuất hiện chỉ một phần võng mạc hoặc thủy tinh thể không?
Khi nghiên cứu tính đa dạng của sinh vật, nhiều nhà nghiên cứu, trong đó có nhà sinh học Anh Richard Dawkins, đã lập được một chuỗi liên tục các tiến hóa nhỏ đi từ những cấu trúc tương tự các đốm mắt ở động vật đơn bào tới mắt của động vật có xương sống, qua các dạng hình chén ở một số loài thân mềm (nhuyễn thể) và nhiều loài khác… Những công trình nghiên cứu này được Dawkins tóm tắt trong cuốn sách Người thợ đồng hồ mù (The blind watch maker) của ông.
Một câu hỏi lớn khác, chẳng hạn về những khác biệt giữa mắt của côn trùng và mắt của động vật có xương sống, là liệu các hệ thị giác của tất cả các động vật có nguồn gốc chung không. Có lẽ câu hỏi này đã được nhà sinh học Thụy Sĩ Walter Gehring giải đáp một phần cơ bản vào năm 1995, khi chứng minh rằng sự phát triển mắt của ruồi và của chuột được kiểm soát bởi một gen giống nhau, là gen có thể có một tổ tiên chung. Ngoài ra, những phân tích phát sinh chủng loại đã cho thấy rằng tất cả các phân tử thụ cảm ánh sáng đều có cùng một tổ tiên chung.
