Vi khuẩn có vai trò gì trong sự tiến hóa?
Người ta biết rằng sinh vật đơn bào đã có cách đây 3,5 tỷ năm, tức là sau khi hình thành trái đất khoảng 1 tỷ năm. Các hóa thạch được tìm thấy (gọi là stromatolite) giống như những dạng hóa thạch đã được loại sinh vật có khả năng quang hợp tạo nên, gọi là khuẩn lam. Trên thực tế, những hóa thạch này là các cấu tạo đá vôi bắt nguồn từ hoạt động quang hợp của vi khuẩn trong khi chúng sinh sản.
Vi khuẩn nguyên thủy sống trong một môi trường không có oxy, nhưng chúng đã tạo ra oxy. Do đó, chúng là nguồn gốc tích lũy nguyên tố O2 trong khí quyển. Nhưng vì oxy độc đối với chúng, nên chỉ những vi khuẩn nào chống chịu được với oxy mới tồn tại. Qua thích nghi với sự đảo lộn các điều kiện môi trường này, chúng đã phát triển một cách mới để tạo ra năng lượng. Nhờ có vi khuẩn, ta không chỉ có õy của không khí, mà cả nguyên lý của sự hô hấp.
Các tế bào vi khuẩn nguyên thủy đã tiến hóa để sinh ra ba họ sinh vật. Phần lớn các vi khuẩn mà chúng ta biết bắt nguồn họ thứ nhất. Nhóm thứ hai đã tiến hóa để sinh ra loại vi khuẩn không điển hình, tức là vi khuẩn cổ, hiện nay có mặt trong các điều kiện khắc nghiệt, từ chỗ băng nam cực cho đến bên trong một lò phản ứng hạt nhân hoạt động, cũng như trong những môi trường bình thường hơn. Họ thứ ba đã tiến hóa tới một loại tế bào mới được gọi là tế bào nhân chuẩn (tế bào có nhân), cách đây khoảng 1,4 tỷ năm. Loại tế bào này sau đó sinh ra sinh vật đa bào và cuối cùng là nấm, thực vật và động vật.
Nhưng mối quan hệ nối liền chúng ta với vi khuẩn không thuộc về phả hệ đơn giản. Một số cơ quan chủ yếu của tế bào nhân chuẩn có thể bắt nguồn từ những vi khuẩn bị tổ tiên của chúng “nuốt chửng”: đó là trường hợp ty thể chịu trách nhiệm sản xuất năng lượng cho tế bào,và lục lạp, cơ quan quang hợp ở cây xanh.